A seleção dos candidatos se dá de acordo com as notas obtidas no Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM) deste ano. Os estudantes que almejam uma vaga devem atingir na prova objetiva e na redação, uma média de no mínimo 45 pontos.
De acordo com dados do Ministério da Educação (MEC) o ProUni já atendeu, desde sua criação até o processo seletivo do segundo semestre deste ano, cerca de 430 mil estudantes, sendo 70% com bolsas integrais.
As inscrições para o ProUni só podem ser feitas pela internet. Ao efetuar a inscrição, o candidato pode escolher até cinco opções de cursos, habilitações, turnos ou instituições de ensino superior, dentre as disponíveis conforme o perfil socioeconômico. O resultado da 1ª chamada do ProUni ocorre dia 17 de dezembro de 2008.